1.毛细管卡槽的清洁：每次电泳完毕之后，应该将毛细管用清洗液，ddH2O冲洗，然后用氮气吹干。

2.压缩机托盘的清洁：在电泳仪设备的底部有一个托盘，它收集来自制冷器的废液，每周应检查是否已满，尤其是潮湿的情况下需进行检查，如果内部有水，用容器在下部接住，并按下托盘右边的按钮。

3.卡槽的清洁：松开固定卡槽前方Holder的螺丝，用羊毛刷及ddH2O清洁卡槽，然后用干净的刷子将其擦干，如果可以的话，可以用异丙醇，甲醇或者乙醇代替水进行清洁，这样保存的时间较长。

4.压力电极的清洁：吸入端电极的清理非常重要，利用甲醇，异丙醇，或者乙醇清洁内部及其顶端。在电极内部小孔的顶部涂上一层薄薄的润滑油进行有效的防护。压力电极底部边缘的两个小孔需要用羊毛刷和水每个月进行清洁。